เที่ยวบิน 516 ออกเดินทางจากท่าอากาศยานชินชิโตเซะ เวลา 16:27น. ตามเวลาท้องถิ่น (07:27น. เวลาสากล) โดยเมื่อเวลาประมาณ 17:47น. ขณะพยายามลงจอดที่ทางวิ่ง 34ขวาของท่าอากาศยานนานาชาติโตเกียว เที่ยวบินที่ 516 ชนกับเครื่องบินดีเอชซี-8-315 ของหน่วยยามฝั่งญี่ปุ่น[12][13] ผู้โดยสารและลูกเรือทุกคนบนเที่ยวบิน 516 สามารถอพยพออกมาได้อย่างปลอดภัย[14][15][16]

มีรายงานว่าเครื่องบินของหน่วยยามฝั่งญี่ปุ่นพร้อมลูกเรือ 6 คนกำลังเตรียมส่งเสบียงไปยังนีงาตะหลังเหตุการณ์แผ่นดินไหวในทะเลญี่ปุ่น[17]ในหนึ่งวันก่อนหน้า หลังจากอุบัติเหตุครั้งนี้มีรายงานว่ากัปตันสามารถหลบหนีออกมาได้ ในขณะที่ลูกเรือสองคนเสียชีวิตและอีกสามคนกำลังระบุตัวตนโดยฝ่ายดับเพลิงโตเกียว[18][19][20]